A estréia do terceiro volume, "Villains", foi precedida por uma hora com recapitulações dos acontecimentos passados, juntamente com entrevistas com o elenco da série e da equipe. O volume três começou com a tentativa de assassinato de Nathan Petrelli, e as consequências que isso tem para o futuro. Além disso, vários vilões fogem do Nível 5, quando Elle perde os controles dos seus poderes e solta uma descarga elétrica, o que acaba destravando as portas. Agora cabe a Companhia tenta recaptura-los. Arthur Petrelli se cura da paralisia após de absorver a habilidade de cicatrização de Adam Monroe e reúne alguns vilões (Flint Gordon Jr., Knox, e Daphne Millbrook), e mais tarde se junta ao grupo: Mohinder Suresh, Nathan, Tracy Strauss, Elle Bishop e Sylar. O objetivo de Arthur é criar uma fórmula para dar habilidades às pessoas comuns, mas depois de muitas falhas logo percebemos que eles precisam encontrar um catalisador. Claire e Hiro voltam no tempo e acham o catalisador que é dado à Hiro por sua mãe. O que acaba não adiantando muito, pois Arthur intervém e agarra o catalisador e Hiro perde os poderes e fica preso no passado. Posteriormente, Peter Petrelli e O haitiano enfrentam Arthur pelo controle da fórmula. No final, Arthur é morto por uma bala disparada por Peter, que é "controlada" por Sylar, dizendo que ele é o assassino e não Peter. Peter injeta-se com a fórmula para salvar Nathan, que estava do lado do pai. Ando ganha a habilidade de aumentar os poderes dos outros (ele conseguiu aumentar os poderes de Daphne, permitindo que ela voltasse no tempo e resgatasse Hiro); Claire, Noah, e Angela veem a Primatech pegar fogo com Meredith e Sylar lá dentro.
O Volume Quatro começa com Nathan Petrelli revelando ao presidente sobre a existência de indivíduos com habilidades especiais. O presidente autoriza Nathan a capturar todos os heróis. Todos os personagens principais serão capturados, com exceção de Sylar, que escapa dos agentes de Nathan enquanto tenta localizar seu pai biológico.
O nome do Volume Quatro foi revelado por Tim Kring durante o Festival de TV de Edimburgo de 2008. Fugitives será formado pelos últimos doze episódios da terceira temporada, sua transmissão será entre 2 de fevereiro a 20 de abril de 2009.
Tim Molloy da TV Guide disse que Heroes irá retornar às suas raízes com "fugitives", em mais uma tentativa de atrair novos espectadores e reconquistar os que desistiram da série devido aos muitos personagens e enredos. Tim Kring havia dito em uma declaração: "Este volume voltará a estaca zero. O público não precisa saber de quase nada do volume anterior para entender o enredo." Molloy espera que a reinicialização salvará a série da queda brusca na audiência. Angela Bromstead, presidente da Primetime entretenimento na NBC, manifestou a sua preocupação sobre os produtores terem se perdido do seu foco original: "pessoas comuns com habilidades extraordinárias", dizendo "Eles podem ter exagerado na quantidade de personagens e enredos. O volume fugitives começa sua história com os heróis tentando levar uma vida normal, até que Claire descobre o plano de Nathan de caçar e capturar todas as pessoas com habilidades.
O vencedor do Emmy Award pela série Danos, o ator Zeljko Ivanek fará uma participação de 10 episódios no Volume 4, como um personagem chamado "O Caçador".


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Legendas:Português